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小智他们穿着火箭队的潜水服，游到基地下方。然后用波导像一张大网一样，把整个基地都笼罩起来。
玛夏多则“嗖”的一声，化成阴影溜进了基地里。有了上帝视角的加持，再加上玛夏多那神出鬼没的阴影潜入能力。
小智和他的伙伴迅速突破了火箭队的基地，毫不费力击败小三郎和亚麻多，然后顺利进入了最后的房间。
当他们推开门时，一股强烈的能量波动扑面而来。小智定睛一看，只见房间中央的实验台上，一只巨大的洛奇亚正被束缚在那里，外面则是被一个红色防护罩隔绝着。
“欢迎各位到来！我是这个基地和这次计划的负责人，南波博士。”
一个声音从上方传来，小智抬头看去，只见南波博士站在实验室的高台上，得意洋洋望着他们。
“不过，我的计划已经完成了，接下来你们将见证神迹的诞生！”南波博士狂笑着，他的眼中透露出疯狂和自信。
小霞突然指着洛奇亚说道“看，那不是我们在橘子群岛见过的洛奇亚吗？”
小智观察了一下，摇了摇头说“不，虽然外表长的一模一样，但这并不是我们在橘子群岛上遇到的那只。”
玛夏多走上前来，向大家解释道“这只洛奇亚应该是它的族人。”
“你这家伙到底想干什么？”小智死死的盯着眼前的南波。
南波的手紧紧握住护栏，由于太过用力，手指关节有些发白。
他的身体颤抖着，显然被小智的质问激怒了，强忍着怒火“我不是什么家伙，我叫南波，给我记住，我叫南波！”
小智根本不在意南波的强调，他的注意力完全被洛奇亚和海面上那些神奇宝贝吸引住了。只见洛奇亚和其他神奇宝贝们都显得十分痛苦，发出阵阵哀鸣。
“我管你是金波还是银波，马上把洛奇亚还有海面上那些神奇宝贝给我放了！”
小智的声音马上提高，带着明显的怒意“不然，你绝对不会有什么好果子吃的！”
南波终于忍不住了，像被点燃的炸药桶一样，瞬间爆发
“我再说一遍啊，我叫南波！你们这群小鬼，根本不懂我所做的一切！”
“我想以神奇宝贝之力为基，开发新能源，继而推动人类发展。至于如何调动力量，你们通过画面都看到了，激怒它们就是最好的办法。”
言罢，便为自身的计划洋洋得意。
小刚驳斥道“这样根本行不通，神奇宝贝与人一样，如此刻意制造愤怒，神奇宝贝的大脑、消化、免疫等系统皆会遭受破坏，这样它们的健康和寿命都长不了的。”
“这有什么关系，死了再抓下一只就是，这个世界神奇宝贝多的是，本来它们就生来是为人类服务的。”
