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这引起了UGM的关注。于是大山队长安排了巡逻警戒，并派战机护卫进出东京湾的运输船。
几天后，矢的猛驾驶的战斗机和石油运输船日精丸号被袭击。日精丸上除了船长以外，其他船员都坐救生艇成功逃离。而矢的猛跳伞成功，落入海里，被日精丸号的船员救了起来。
回到总部没多久，日精丸号的山本船长大难不死，通过无线电告知了UGM关于袭击的真相。
原来一切都是废弃幽灵船巴拉克什布造成的。幽灵船就是15年前的皇后号，它是一艘由最新型计算机控制操作的无人驾驶货轮，船上的货物为MK合金。
当年，皇后号在经过麦哲伦海峡时因撞击冰山而沉没。可能中心计算机由于撞击的缘故导致线路错乱从而失控暴走，15年来一直没有停止工作，潜伏在海底重新编程。如今编程完成，继续按照15年前设定的航线继续前进，从麦哲伦海峡前往东京湾。
在路途中，袭击了好几艘船只，并利用MK合金发出的强磁力将那些船只吸引到自己身上，成为自己的一部分。
UGM得知真相，开始组织救援任务，由矢的猛和杨光前去救援。当成功救出了山本船长后，出动宇宙战舰攻击幽灵船巴拉克什布。
巴拉克什布的智能计算机利用其所吸附的战列舰的导弹和火炮与宇宙艇火拼，成功将宇宙艇击落。
矢的猛抢在杨光之前变身为爱迪奥特曼，和巴拉克什布展开对轰式作战。
爱迪：“嘿嘿，这次被我抢先了吧，我总不能在自己的TV里真的变成个副奥吧！”
爱迪奥特曼飞在空中，速度极快。幽灵船无法打到爱迪，反而被爱迪用射击光束重创巴拉克什布的船身，最后再用沙库修姆光线炸毁了巴拉克什布，又一次轻松的维护了和平。
之后出现的怪兽是加哲拉，其真身是由住院需要做手术的少年建一制作的怪兽玩具。身体零件的来源更是五花八门，加哲拉口中安装的是建一父亲丢掉的打火机。胸口的增幅器原本是收音机的内部装置，而双手由其他玩具和生活用品组成。建一还制作出了加哲拉的投影仪，用来在夜间恶作剧惊吓医护人员。
那建一为什么要这么做呢？
原来建一需要做手术，但手术成功率只有15%，所以建一对此有了恐惧心理。每当要安排做手术时，建一就用投影仪在晚上投影怪兽的影像，使人们造成恐慌。这样就可以推迟手术时间了。
而巧合的是游荡西山医院附近的怪兽之魂正好附身到了建一放在海边的加哲拉模型上，使加哲拉成为了真的怪兽。受到惊吓的建一以棍棒攻击加哲拉，但冲击力的能量被增幅器吸收，让加哲拉变得跟成年人一样大。
建一赶紧逃跑，然后打电话到UGM。大山队长派矢的猛和杨光过来调查。两人来到医院，找到建一，在建一的带领下来到海边。然后真的看到有怪兽。于是拔枪就射，将怪兽加哲拉击落悬崖，掉落到海里。
